Kořeny homofobie jsou na prvním místě v nedostatečné sexuální výchově na školách a v silném deficitu základních znalostí o příčinách homosexuality v populaci obecně.
Kořeny homofobie jsou na prvním místě v nedostatečné sexuální výchově na školách a v silném deficitu základních znalostí o příčinách homosexuality v populaci obecně. Homofobní postoje se často dají účinně změnit osvětlením základních biologických příčin homosexuality. Tedy přijetím vědeckých poznatků o dvou vývojových variantách části lidského mozku – hypotalamu, kdy častější variantou je vývoj směřující heterosexuální orientaci, ale pokud jsou splněny specifické podmínky jako např. vysoká úroveň stresu a následná hormonální destabilizace těhotné matky v 8-9 týdnu těhotenství či genetické vlivy vázané na pohlavní chromozomy je možný vývoj směřující k orientaci homosexuální. Homosexuálem se člověk rodí a umírá, nelze se mu naučit ani odnaučit a nelze ani vyléčit. Homosexuál má normální vyrovnanou hormonální bilanci, přestože mohl být v době před narozením s určitou intenzitou feminizován či maskulinizován má zdravé reprodukční orgány a jeho současná odlišnost je dána pouze konstitucí mozkové tkáně a tedy i prožíváním lidské sexuality. Uvědomění si těchto skutečností může zvýšit kontrolu iracionálního rozhodování a chování u lidí, kteří krom homofobie jinak prezentují liberální životní postoje.
Velmi potřebné jsou základní informace o homosexualitě pro ty, kteří se s homosexuály v budoucnu setkají ve svém nejbližším okolí, zejména u svých potomků. Ti, kteří jsou informováni, jsou schopni lepšího přijetí a spíše svým dětem mohou pomoci při vyrovnávání se s jejich sexuální orientací.
Příčinou homofobie je tedy chybění osobních zkušeností, hlubší porozumění problémům, často i zcela iracionální a nelogické předsudky, které mohou být důsledkem tradiční konzervativní sexuální výchovy resp. nevýchovy.
Všichni homofobní jedinci, u nichž nelze zvrátit jejich dogmatické postoje předložením a vysvětlením základních biologických principů a výše uvedených zákonitostí lidské embryogeneze, by měli zvážit, jestli jejich homofobie nevyplývá z vlastních projevů osobnostní nejistoty, kterou by mohlo odstranit hlubší sebepoznání. Je totiž známo, že v pozadí řady homofobních postojů může být i nejistota s vlastní sexuální orientací a nevědomá potřeba udržení integrity vlastní osobnosti.
Velkou skupinou, která vystupuje naprosto homofobně jsou církve. Lidé věřící, obvykle v důsledku naprosté poslušnosti v přebírání nevlastních názorů a pravidel od církví, podporují demagogií kněží a subjektivních výkladů bible apod. a pod falešnou záštitou slov o rodině a lásce vlastně podporují nenávist vůči lidem, kteří se svou například právě sexualitou odlišují od církevní „normy“.